Selon nombre d'experts, la culture à très grande échelle du maïs, de la canne à sucre, du colza, de la betterave ou du soja induit nombre d'effets pervers : consommation de beaucoup d'énergie fossile, d'eau ou d'engrais ; tensions sur les cours des matières premières alimentaires et encouragement à la déforestation. Des voix s'élèvent aussi pour s'alarmer des rejets (hors CO₂) des moteurs fonctionnant avec ce type d'essence. Chez nous, l'E85 n'a toujours pas pris son envol. Le réseau de distribution demeure "squelettique" et les rares modèles disponibles n'ont guère fait recette.

Ces déboires mettent en lumière les arguments implicites, voire le non-dit, qui sous-tendait en partie l'enthousiasme des pro-biocarburants. Les milieux agricoles y ont surtout vu un effet d'aubaine, et les constructeurs automobiles (américains, en particulier) le moyen de repousser les échéances. Les "agrocarburants", en effet, n'imposent pas de changer de technologie. Grâce à eux, les gros moteurs 6 et 8 cylindres peuvent continuer de cracher du CO₂ comme si de rien n'était.